В VI - V вв. до н.э. преобладали погребения в ямах, вырытых в земле или вырубленных в скале и перекрытых плитами или деревом, а также погребения в склепах. В IV - III вв. до н.э. территория некрополя расширяется, появляются захоронения в каменных саркофагах и деревянных гробах. Широко распространяется обычай ставить на могилах надгробные плиты (стелы).

Курганный некрополь Пантикапея занимал обширную территорию, а по количеству курганов Пантикапей явно выделялся среди столиц эллинского мира. Погребения под курганами встречаются с V в. до н.э., но особенно много подкурганных захоронений в IV - III вв. до н.э. Самые большие из курганов достигают высоты 25 м, но наиболее распространены курганы высотой от 5 до 10 м. Курганные насыпи для прочности часто делали из нескольких слоев камня, морской травы и земли. Многие курганы вокруг насыпи обносились канавкой или рвом, а также каменной оградой-крепидой. Со II - I вв. до н.э. обычай возводить курганы уходит в прошлое и позднее курганов почти не сооружали, а для захоронений использовали курганы, возведенные в более ранний период.

Курганы окружали Пантикапей со всех сторон – полукружие курганов Юз-Оба – на юго-западе, тесная курганная группа на холмах и побережье – на северо-востоке. Несколько курганов – уникальные памятники мирового зодчества, в их числе гробницы Золотого и Царского курганов, оказавшихся полностью ограбленными.

По своей грандиозности эти курганы вполне могли быть царскими усыпальницами. Они напоминают монументальные гробницы микенских царей. Главная из трех гробниц Золотого кургана ( IV в. до н.э.) была округлой в плане, имела уступчатое перекрытие, образованное выступающими внутрь рядами каменных плит. Благодаря этому купол камеры сужался кверху и замыкался горизонтальной плитой на высоте 11 м над уровнем пола. К камере подводил коридор-дромос длиной 18 м, высотой 6,5 м, также с уступчатым перекрытием.

Погребальная камера Царского кургана ( IV в. до н.э.) была почти квадратной в плане, а купольное уступчатое перекрытие, начинавшееся на высоте 4 м, заканчивалось плитой, лежащей на высоте 9 м над уровнем пола. Как и у Золотого кургана, в камеру вел дромос длиной 37 м, с уступчатым перекрытием. Кладка кургана выполнена насухо из отлично обработанных плит. Древний зодчий употребил любопытные приемы, выявляющие печальный философский смысл сооружения. Легкое расширение дромоса к входу в камеру создает иллюзию укороченной перспективы, поэтому путь к склепу кажется коротким. Ось погребальной камеры чуть смещена влево от оси дромоса, поэтому входящий невольно обращает внимание на толщину слегка повернутой к нему справа стены склепа, отделяющей его от внешнего мира. При взгляде же из камеры перспективный эффект «работает» наоборот, удлиняя и сужая выход из гробницы и наводя на мысль о необратимости смерти. Кроме того, если смотреть из дромоса наружу, бросается в глаза сходство очертаний проема с пламенем светильника, а благодаря особой уступчатой кладке покрытий дромоса открывается еще один эффект: при входе в курган путь к погребальной камере кажется короче, чем путь из погребальной камеры к выходу. Художественно-философский смысл этих архитектурных особенностей не вызывает сомнений. При свете глиняных светильников хоронили усопших, да и сама жизнь человека нередко уподоблялась гаснущему пламени. Допустимо предположить, что символом огня боспорский зодчий запечатлел в камне вечную жизнь в ином мире.

Небольшой Мелек-Чесменский курган (рядом с автовокзалом) содержит еще один оригинальный вариант уступчатого склепа: квадратная камера переходит в четырехгранную пирамиду. Низкий дромос прямо открывается в камеру; нависающие ряды их блоков совпадают, объединяя эти два пространства и подчеркивая взлет свода.

К I в. н.э. относится склеп Деметры – памятник мирового уровня, находящийся в аварийном состоянии из-за нарушения режима водоносных слоев при строительстве рядом микрорайона. Для постройки склепа был использован естественный земляной холм. Стены и потолок прямоугольного склепа с полуцилиндрическим сводом, сохранили настенную роспись. Роспись склепа воспроизводит миф о похищении богом подземного царства Плутоном Коры – дочери Деметры.